迄今为止，我国在水产养殖中使用的微生态制剂出发菌种，大多是农业部批准作为畜禽饲料添加剂的一些菌种，基本上都是没有完成对水生动物的效果验证试验的。即使有部分关于微生物制剂对水生动物影响作用的研究，也存在检测试验设计不合理、检测内容不完整和欠科学等问题。如有些试验人员在对某种水产养殖动物给予微生态制剂后，只是将供试动物体内的部分免疫相关酶类（如溶菌酶、部分补体成分、血清中免疫球蛋白，等）的活性和含量变化作为判断其功能的指标，而不做致病性病原的攻毒试验。其实，仅凭试验动物的各种免疫相关酶类的活性表现出升高或者降低，是不能准确判断其究竟是属于试验动物对微生态制剂显示出的应激性刺激反应，还是由微生态制剂诱导试验动物产生的免疫保护作用的。如果是在使用微生态制剂后，供试动物的各种免疫相关指标全面上升，反而说明动物体内已经将这种微生态制剂识别为异物，启动了自身的免疫系统而正在全力排斥这种物质。如果在这种情况出现时，二手吨桶供应，试验者依然将其理解为是微生态制剂的应用正面效果，就属于对微生态制剂功能的理解错误了。